(二)重大工程。
落实《科技规划纲要》，突出宏观指导，集中优势资源，服务重大专项，从国家层面强化在若干关键领域和薄弱环节的战略部署，着力实施4项自主创新基础能力建设重大工程，力求突破科技发展和产业技术的瓶颈制约，带动国家自主创新能力的整体提升。
1.重大科技基础设施建设工程。
着眼于经济社会全面、协调、可持续发展和国家安全对科技进步的重大需求，面向国际科学技术前沿，在我国具有相对竞争优势和国家现代化建设需要的战略性高技术领域，超前谋划、突出重点、整合资源，高起点、高水平地建设12项战略性、标志性的国家重大科技基础设施，为取得一批具有重大科学意义的创新性成果、缓解资源环境约束、突破战略性高技术产业的科技“瓶颈”提供强有力的支撑。同时要探索和创新国家重大科技基础设施的建设机制、管理机制和使用机制，保证资源共享、充分利用，切实发挥科技基础设施的公共效益。
“十一五”期间重点建设散裂中子源、强磁场装置、大型天文望远镜、海洋科学综合考察船、航空遥感系统、结冰风洞、大陆构造环境监测网络、重大工程材料服役安全研究评价设施、蛋白质科学研究设施、子午工程、地下资源与地震预测极低频电磁探测网、农业生物安全研究设施等12项国家重大科技基础设施。
2.科技基础条件平台建设工程。
构建布局合理、开放高效的科技资源共享体系。以改革为动力，以资源共享为核心，积极探索新的管理体制和运行机制，打破资源分散、封闭和垄断的状况，不断提高我国科技资源的利用效率。加强统筹规划，在国家层面上做好科技资源共享的顶层设计。结合我国各类科技资源的特点，借鉴国际相关标准和规范，制订法规规章、技术标准和管理制度，确保在不同部门、地方和单位间实现共享科技条件资源。充分运用信息、网络等现代技术，对科技资源进行战略重组和系统优化，促进全社会科技资源高效配置和综合集成，提高科技创新能力。
推进大型科学仪器设备、设施的共建共享，逐步形成全国性的共享网络；改善现有的野外观测台站观测环境和科研条件，形成一批联网运行和资源共享的综合性、专业性野外观测实验基地。¬整合和完善国家种质资源库、国家实验材料和标准物质资源库、国家岩矿化石标本和生物标本资源库(馆)。构建集中与分散相结合的国家科学数据中心群，推动面向各类创新主体的共享服务网建设，形成国家科学数据分级分类共享服务体系。建设数字化的科技文献资源库，促进相关部门、地方科技文献网络系统的对接和共享，构建种类齐全、结构合理的国家科技文献资源保障和服务体系。选择若干重大科学领域构建网络实验环境，充分利用现代信息技术和公共网络基础设施，营造服务于全社会科技创新活动的跨地域、实时的网络协同环境。
3.知识创新工程。
建设若干高水平的科研机构和研究型大学。发挥科研机构和大学的创新源头作用，加强科研机构和大学的基础研究和高新技术研究设施建设，促进科研机构和大学的联合，形成一批具有国际影响的科学研究基地。发挥大学和科研机构在培养优秀创新人才方面的作用，将自主创新基础设施建设与高层次创新人才培养相结合，构筑高水平人才培养基地。
全面推进中科院知识创新三期工程。以提高解决我国经济社会发展的重大科技问题的能力，提高为落实科学发展观提供知识基础和技术支撑的能力，提高保障国家安全、应对世界新军事变革的能力为目标，发挥多学科综合优势并进行系统集成创新，进一步推进新兴、交叉学科等的形成，建立有利于人才脱颖而出、合理流动、人尽其才的机制与环境。面向基础研究，建设依托大科学装置的综合研究基地。面向战略高技术开发，建设信息、空间、先进能源、先进制造与新材料等科技创新基地。面向经济社会可持续发展相关研究，建设人口健康与医药、先进工业生物技术、现代农业科技、生态与环境科技、资源与海洋科技等科技创新基地。
实施高�？萍即葱鹿こ�，加强高校自主创新基础能力建设。强化科技创新与高等教育的紧密互动与结合。发挥高校在学科齐全、人才密集、学术思想活跃以及科学研究与人才培养紧密结合等方面的优势，实施学科交叉、综合集成战略，建设若干跨高校的科学研究中心，促进高校间的优势集成，强化高校创新基地的综合性、交叉性，提高国际化水平。组建一批科研设施精良，创新人才汇聚、学术氛围宽松的综合性、开放式、国际化的大型原始性科技创新基地。注意发挥行业、地方等高校的特色和优势，进一步促进产学研结合。实施拔尖创新人才引进和培养计划，完善人才培养设施，构建定位明确、层次清晰、衔接紧密、促进优秀创新人才可持续发展的培养和支持体系。
4.技术创新工程。
建立产业自主创新的基础支撑平台。以建设企业为主体、市场为导向、产学研相结合的技术创新体系为目标，以提高自主创新能力为主线，围绕《科技规划纲要》确定的重点任务和重大科技专项，在加快高技术产业发展、节约资源能源及提高开发利用效率、促进农业产业结构调整升级和提升装备制造业核心竞争力四个重点领域，从产业技术原始创新、集成创新和引进消化吸收再创新三个层面，加强技术创新设施建设，实施技术创新引导工程。新建一批国家工程实验室，提升我国产业技术原始创新能力；新建和完善一批国家工程研究中心，提升我国战略产业和主导产业技术集成创新能力；支持建设和加强一批企业技术中心，提升企业自主研发和引进技术的消化吸收再创新能力。
以加快信息、生物等高技术产业发展，推进国民经济信息化进程，培育产业核心竞争力为目标，在核心电子器件、高端通用芯片、集成电路和软件、下一代网络、新一代无线移动通信、先进计算、信息安全、重大新药创制、重大传染病防治、现代中药等领域，建设若干支撑产业核心技术研发的设施。
以缓解资源、能源瓶颈制约及减少环境污染，保障可持续发展为目标，在油气及矿产资源勘探与采收、煤炭高效安全开采与洁净转化、特高压输变电与电力系统安全、可再生能源、先进冶金工程、水体污染控制与治理、水资源综合利用等领域，建设若干共性、关键性技术开发、试验的设施。
以促进农业产业结构调整升级，推进现代农业和农村经济持续、稳定、健康发展为目标，在农业优良品种选育、农业资源高效利用、农产品深加工与食品安全等领域，建设若干先进、适用技术的研究试验设施。
以振兴装备制造业，推进东北等老工业基地改造，实现由制造业大国向制造业强国转变为目标，在轨道交通、船舶与海洋工程、节能与新能源汽车、高档数控机床与基础制造、大型清洁火电与核电、大型飞机、新材料等领域，建设若干重要装备设计、系统集成和先进制造工艺开发、试验设施。
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