台南市长许添财等也因首长特别费案遭检察官调查，台南地检署结束侦调，认定特别费是制度瑕疵问题，其中直接汇入私人账户一半的特别费属首长实质津贴，许添财不予起诉。但是另一半首长特别费须要有发票报销部分，检察官发现副市长许阳明等3人申报不实被起诉。
起诉书中还对这个案件有法理性的阐述。台南承办检察官陈明进认为，50多年来台湾相沿成习的首长特别费，确有争议，有制度上的瑕疵，若强行拟制被告有向会计人员施用诈术，不免令人有牵强附会或罗织罪名的误解。司法者应站在历史高点来观察特别费的性质，不应该匠气十足堆积木一般，将法律概念堆砌起来。
陈明进不同意台北地检署侯宽仁对马英九的起诉理由，而且在自己拟定的起诉书中发挥了他的法律观念，甚至指责侯宽仁罗织罪状。
蓝营内纷纷喊冤，同样的首长特别费调查，厚此薄彼，完全是对马英九实施政治迫害。绿营“立委”也大声疾呼，指台南地检署此举是刻意为马英九脱罪。
为马英九脱罪之说未免欺人太甚。起诉小马哥明摆着是选择性办案，置人入罪。台湾有6000多位行政首长都拿特别费，特别费一半汇入私人账户，这个制度沿袭了半个多世纪，有数十万人照做，为什么要选在马英九准备选“总统”之前，派员单单调查他？泛蓝“立委”提请司法单位调查民进党各首长，包括四天王等，拖拖拉拉到现在才刚刚侦结许添财案。起诉书大力为许添财开脱才是事实，只是南北两地检署的检察官，对同性质案件的理解不一致，结论相异而已。民进党上下经常扬言尊重司法，他们真正的意思可能是指有利于自己的司法判决才尊重，起诉书开脱了自己人许添财，但是也同时令国民党的马英九沾光，他们也不能容忍，天下哪里有处处自己占便宜的好事。
民进党的前“立委”沈富雄认为台南地检署起诉书的论点，对马英九的判决很有利，获得一审无罪的可能性增加。马已经从谷底走出来，日后他的声势将节节看涨。
出庭应审时，马英九当然可以引用陈明进检察官的法理概念，为自己做有利的辩护。他的首长特别费需要报销部分没有问题，另一半直接汇入账户照理不应当追究。本案将在4月3日开庭初审，主审的几位法官，刚好就是审理吴淑珍公务机要费案的原班人马。公务机要费案开庭10次，吴淑珍9次称病不出庭，整个案子拖了两个多月，毫无进展，这组法官对被告及辩护律师团深感无奈。马英九声称开庭时绝不缺席，全力配合争取及早结案，有模范生的表现，更能得到法官的好感。南北地检署对同类案件的处理迥异，小马哥今后会得到更多的同情票。
但是马英九的路仍然充满了荆棘。特别费案被起诉令他受伤颇重，辞去党主席，面临党内挑战，泛蓝给大家即将四分五裂的印象，支持者心灰意冷。
苏贞昌对于南北地检不同调的现象有他的看法，认为两份起诉书都很合理，因为其他首长没有马前市长那个样子，所以首长的情形很清楚，整个案子可以清楚地看出来，个人造业个人要担。苏“院长”曾经说过首长特别费起自制度不良，是大家的共业，由大家一起承担。但是马前市长把私人账户中的首长费，申报为个人财产，是侵占行为。苏贞昌一直紧咬住这点不放，苏的首长特别费案还在调查阶段，他希望大家一律以制度有瑕疵为由，不予起诉，但马英九申报财产涉嫌侵占公款要追究，这样处理对自己最有利。
检察系统属“行政院”和“法务部”，众检察官有多少独立性依旧是一则没有解答的习题。苏掌握雄厚的行政资源，南北两地检单位是不是正依照苏先生的剧本演出呢？
马英九在南部某地访问，受到一名妇女吼叫谩骂，要他不要再做“总统”梦了。这正代表了绿色阵营上下的极端恐惧，马英九是位可怕的对手，他们最怕小马哥。(作者：马康庄 台湾民意调查基金会秘书长)
