2006年8月2日 民进党“立委”谢欣霓向“高检署查黑中心”告发，指马英九挪用特别费当生活费，存款暴增。查黑中心4日签分“查字第18号”案，交由检察官侯宽仁调查。
2006年9月起 检察官展开调查后，共传讯证人上百人，同时逐一清查1万多张发票单据。
2006年11月14日 马英九以关系人身分到案说明。
2006年11月15日 约谈市长秘书余文及10名相关证人，厘清化零为整的报帐方式是否涉及伪造文书，包含余文在内的11位关系人讯后均饬回。余文则被改列贪渎、伪造文书案的犯罪嫌疑人，并限制出境。
2006年11月17日 马英九首度表示，若此案遭起诉，就会依照党章规定停止党权。
2006年11月17日和22日 马英九先后捐款逾1500万元。
2006年11月20日 马英九晚间在党中央和“立委”一起吃便当再度强调，特别费案他绝对经得起考验，如果连他都有问题，那么民进党“四大天王”一个都跑不掉。
2006年11月23日 马英九二度遭“查黑中心”约谈，面对媒体询问约谈状况，马英九说不方便透露内容，但他比出手势说了声“Safe”，似乎对自己很有信心。
2006年11月24日，国民党主席、台北市长马英九表示，如果他被诉，会立即辞去党主席职务。
2006年11月30日 台北市政府上午由委任会计师周志诚说明市长马英九的捐款细目。周志诚指出，马的捐款共236笔，总金额为6809万4910元；其中捐给团体的有188笔，捐给个人有48笔；就项目观察，捐给公益团体占87.54%，捐给慈善团体占3.28%，其余10%为教育、学术团体，马英九的捐款数，远超过他支领的市长特别费。
2006年1月26日 马英九表示，他完全依照“行政院”规定使用特别费，希望司法能尽快还他清白，面对国民党内质疑他上了别人的当，他表示若遭起诉就会下台以示负责，因为纪律很重要。
2006年2月7日 侯宽仁检察官三度讯问马英九谈特别费属性，最后认定特别费必须用在公务，但马英九把8年市长任内1632万不需单据的特别费全部汇进个人户头，甚至还申报个人财产。
2007年2月9日 马英九接受东森新闻专访，表示，“我讲究清廉，不贪财、不收礼，我没有犯罪的意图、也没有罪的事实，为什么被认为犯罪”，如果因此被起诉，“我很难接受”。
2007年2月13日 “高检署查黑中心”下午宣布，以贪污罪嫌起诉马英九，涉嫌“诈领”1117万元。
资料来源：综合台湾东森新闻和中时电子报
