但刚刚获得许可证的靖国神社，马上就开始张罗招魂阵亡者的合祀， Bunce等一干办事人员终于回过味来，原来日本人搞得还是老一套，于是GHQ立即对合祀做出限制，天皇和皇室不得出席，不得继续使用皇室的菊花纹章。裕仁天皇非常自觉地表示不出席，虽然这让组织者很失望。
靖国神社搞合祀的举动还是引起了麦克阿瑟的警觉，GHQ对靖国神社详细的调查报告亦认为，虽然它已在经费来源等项上脱离了国家管理，但依然是个危险的所在。
禁止公开合祀的命令下达后，靖国神社的对策是合祀在私下继续进行。
不过，脑子里程序意识强烈的美国人虽认为靖国神社不能留下来，但靖国神社“改制”后属文部省管辖，既已成宗教法人，就宜不直接废除甚至干脆直接拆迁，而是想办法在程序上为难，令其自生自灭。
1946年11月，麦克阿瑟下令，靖国神社是军国主义性质的神社，不同于传统神道，故其占用的国有土地，不得直接转让给靖国神社。
GHQ这一釜底抽薪的政策，迫使横井时常们琢磨靖国神社如何自给自足活下去，很快，原本庄严神圣的靖国神社门前搞成了娱乐一条街，买卖纪念品、祈愿牌以及经营博物馆和电影院之类成为捐赠外的一大收入来源。
60年后，靖国神社挂的祈愿牌几乎全是神灵保佑升学、健康、晋级、发财、朝鲜不发射导弹之类的内容，也许，这是横井时常们当时并不真正希望看到的。
靖国神社小心翼翼看着盟军脸色终于捱到了冷战东西方对抗的重大转机。朝鲜战争爆发使美国占领政策彻底改变，因为日本要成为在亚洲的共产主义“防波堤”。从宪法制订、日皇的非神格化宣言、战犯的审判，再到教育和传播体系已能放心地对日本国民进行长期持续洗脑改造，日本完全朝着美国人希望的方向前进。
1951年9月，GHQ经研究后认为，若关闭靖国神社将导致与日本民意的冲突，因为日本民间为靖国神社发起了一拨又一拨的请愿，遂同意国有土地转让给靖国神社。
甲级战犯“公务死” 天皇从此不参拜
随着占领结束，横井时常命令用水泥糊上的那些浮雕，水泥又被重新敲掉。另一项活动就是靖国神社的大规模合祀祭。因为在美军占领监控下，靖国神社未便于统计二战中大批死去应进入合祀的名单。
1953年日本国会通过的《战伤病者战殁遗属等援护法》，确立补偿对象时，被处决的战犯遗族与战死者遗族同享国家以年金等形式的抚恤，这本属无可厚非，但战犯被处决被定为“公务死”(因公殉职)，却为战犯最终进入靖国神社被合祀打开必然的通道。被处决的战犯被定为“因公殉职”，自然死于监狱的战犯亦属“因公殉职”，最终一并被靖国神社合祀。
关于合祀，事实上，靖国神社并无所谓灵牌，小小的靖国神社也无法存放得下246万个灵牌。所谓的灵位，是经过认定后，造册存放在靖国神社最靠里的一间名叫“灵玺簿奉安殿”的花名册。
战犯合祀问题随着战犯被迅速大批释放而加速。1955年，日本议会通过了《战犯释放问题》决议案，先是全部甲级级战犯被释放，到了1958年，乙、丙级战犯亦全部释放，这些人多数迅速重新回到政界和商界。譬如1957年担任首相的岸信介就是甲级战犯。
值得注意的是，那些强烈要求先辈该进入神社享受祭奠的战犯遗族，往往持有模糊而矛盾的双重态度，一方面，这些人几乎都对盟国审讯判决持否定态度，但另一方面又承认其负有日本战败或引起战争破坏之责，同时，又认为，即使有罪那也是因公行为。
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