在这样的形势下，“上海五国”一致认为，已有的会晤机制已不能适应地区与多边合作的需要。2000年7月5日，“上海五国”元首在塔吉克斯坦首都杜尚别举行第五次会晤，并签署《杜尚别声明》。乌兹别克斯坦总统卡里莫夫列席了会议，并正式提出参加“上海五国”元首会晤机制的申请。各国元首一致表达了将元首会晤机制发展成为区域性多边合作组织的共同愿望。2001年6月15日，上海合作组织在中国上海宣告成立。
国际问题专家认为，“上海五国”机制到上合组织的发展过程，是当代国际关系中一次重要的外交实践。它首倡了以互信、裁军与安全合作为内涵的新型安全观，丰富了以结伴而不结盟为核心的新型国家关系，提供了以大小国家共同倡导、安全先行、互利协作为特征的新型区域合作模式。它所培育出来的“互信、互利、平等、协商，尊重多样文明，谋求共同发展”的“上海精神”，不仅是成员国处理相互关系的经验总结，而且对推动建立公正合理的国际政治、经济新秩序具有重要的现实意义。
当今世界，国际局势总体上继续趋向缓和，但人类生存安全面临着新的挑战与威胁�；肪澄廴�、贫困、贩毒、难民等全球性问题日益突出；恐怖主义、分裂主义和极端主义“三股势力”的破坏有增无减。为了解决共同面对的问题和应对新的挑战，各国各地区加快了区域合作的步伐。上海合作组织的建立，也正是顺应了这一时代潮流。
让人意想不到的是，在上海合作组织正式成立后不到3个月的时间里，“911”事件爆发。国际反恐联盟在阿富汗展开的军事行动，引发了中亚地区地缘政治形势急剧变化，上海合作组织的正常发展环境受到严重冲击。加强上海合作组织内部的机制化建设，协调各国对世界和地区形势发展、变化的基本立场，提高在地区安全等重要领域中的合作效率，成为亟待认真解决的问题。
2002年6月，上海合作组织成员国第二次元首峰会在俄罗斯的圣彼得堡举行，6个国家的领导人签署了《上海合作组织宪章》、《关于地区反恐怖机构的协定》和《上海合作组织成员国元首宣言》三份重要法律、政治文件。这是上海合作组织加强自身建设、提升合作层次、加大反恐力度所采取的三大战略举措。文件标志着该组织从国际法意义上得以真正建立。
上合组织成立5年来，各成员国在军事、安全、司法、经贸、文化等各领域和各层次的合作相继展开。当前，上合组织的活动涵盖国际合作的主要领域，包括维护中亚地区的和平、稳定和安全；应对新挑战和新威胁，首先是打击恐怖主义、分裂主义、极端主义、非法贩运毒品和武器、跨国犯罪；发展经济、科技和文教合作，改善人民生活和提高生活质量，解决非法移民问题；加强政治合作，就重大国际和地区问题举行磋商和协调立场等。上合组织合作范围和深度取得了长足的进展。
首先，解决了历史遗留的边界问题。本着互信互让、和平共处的精神，经过多年谈判，在“上海五国”会晤机制和上海合作组织的框架内，中俄、中哈、中吉、中塔先后解决了中国西部边界的遗留问题。2004年10月，俄罗斯总统普京访华时中俄双方签署《关于中俄国界东段的补充协定》，使中俄第一次以法律形式明确标示出两国完整的边界线。边界问题的解决，为成员国之间发展多领域各层次的睦邻友好合作奠定了坚实基础。
其次，在安全领域开展了卓有成效的合作，维护了本地区形势的整体稳定。“911”事件后，上海合作组织成员国加强了以打击本地区恐怖主义、极端主义和分裂主义“三股势力”为中心的反恐合作，进一步增强了成员国间的相互信任。
上海合作组织是最早打出反恐旗帜的国际组织之一，在协调各国反恐合作方面发挥了重要作用。在成立之日，六国元首就签署了《打击恐怖主义、分裂主义和极端主义上海公约》，后来又在塔什干设立了地区反恐怖机构。在上海合作组织的框架内，各成员国在开展情报交流、司法协助等方面进行了卓有成效的合作，已举行了3次联合军事演习。今年的3月29日，上海合作组织地区反恐机构理事会第六次会议在乌兹别克斯坦首都塔什干举行，与会代表签署了15份文件，其中包括《2007-2009年上海合作组织成员国在打击恐怖主义、分裂主义和极端主义领域的合作纲要》。4月26日，上海合作组织成员国国防部长会议在中国北京举行，部长们商定2007年在俄罗斯联邦境内举行下一次联合反恐军事演习。为协调演习组织和实施的相关问题，决定成立上海合作组织成员国国防部专家组。
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