清康熙元年(1662年)郑成功收复台湾后，在台湾建立明郑政权，把中华儒学传统带到台湾。明郑政权所宣扬的儒学有明显的时代特征，这与郑成功对儒学的理解密切相关。
郑成功是福建南安人，21岁时，他作为贡生进入南京国子监，拜浙江虞山人大儒钱谦益为师。郑成功特别喜爱《春秋》，受浙东学派的深刻影响，所学均以经世致用为目的。郑成功收复台湾后，把强调华夷之辨、注重汉民族大义，反抗外族入侵，主张经世致用的浙东学派儒学传统带到台湾。郑成功去世后，陈永华继续弘扬浙东学派的儒学传统。
清朝统一台湾后，继续在各地兴办学校，大力推崇朱子学。经过清廷大力宣扬，朱子学取代浙东儒学，成为台湾儒学的主流。19世纪以后，随着民族危机的加重，尊王攘夷的儒学传统在反抗外国侵略的旗帜下复兴，它与朱子学中忠孝节义思想融为一体，成为台湾人民反抗外来侵略的思想武器。
光绪二十一年(1895年)，清廷签订《马关条约》，将台湾割让给日本的消息传出后，全国人民群起反对。割台消息传到台湾，群情悲愤，儒生们站在反割台斗争前列。首先站出来大声疾呼的是丘逢甲，这位进士出身的儒生，在中日甲午战争爆发后，就察觉日本侵台野心，他散尽家财，组织义兵�！堵砉靥踉肌非┒┖�，他怒不可遏，咬破手指，血书“抗倭守土”四个大字，号召乡绅上书清廷反对割台，但腐败的清廷对台湾儒生的请求无动于衷。在这种情况下，丘逢甲等士绅发表《告台湾人民书》，号召民众自发起来反抗日本侵略。
日军入侵台湾后，台湾儒生奋起抵抗，涌现出许多可歌可泣的英雄人物。丘逢甲、许南英领导义军抗战，遭日寇通缉，在败局已定的情况下，不得已逃回大陆。吴汤兴、邱国霖、吴镇y等人招募乡勇，在台中与日军血战。徐骧是苗栗族头人，也是儒生，是原住民接受儒学的代表，散尽家财招募苗栗族人参加抗日。姜绍祖是丘逢甲的学生，散家产募义军抗敌，毫无畏惧。这些儒生在战场上视死如归，给日军很大打击，最后都壮烈牺牲，谱写了中华民族的正义之歌。
在武装反抗斗争被日本残酷镇压以后，台湾的儒生们只好采取保存中华文化传统的方式，抵制日本殖民文化的入侵，其目标是传承儒家文化，以等待时机，回归祖国，表现形式主要有以下几种：一是办书房以传儒学，二是结诗社以砺气节，三是开鸾堂以崇儒教，四是建祠堂以显宗族。儒学传统在反割台斗争和抵制日本殖民文化中起着不可磨灭的重要作用。(来源：福建日报 作者：泉州师范学院教授 陈名实；福建师范大学教授 林国平)
