(七)施工区三分之一水土流失面积尚未治理。
一、二期工程建设过程中，水土流失较为严重，特别是石料开采造成长江左岸下岸溪入口处严重淤积。据调查，施工区水土流失面积约7平方公里，占征地总面积的44%。经过近几年治理，目前仍有约2.1平方公里流失面积未治理，占水土流失面积的三分之一。
针对审计发现问题，审计署已依法出具审计报告，并下达了审计决定书。同时向国务院三峡办和三峡总公司建议：
第一，对审计发现的问题应继续认真进行整改，在工程后期建设和金沙江下游开发中，应进一步完善招投标、物资采购、监理和合同管理等项制度，严格落实质量事故责任追究制度，堵塞漏洞。应改进工程结算控制偏松的做法，减少不合理支出，确保建设资金合理、节约使用。同时应进一步加大水土流失治理力度，严格实施三期水土保持方案。
第二，针对此次审计中发现的价差、奖励政策执行中存在的主要问题，如在每年统一计算价差基础上，又单独批复价差；施工人员人工单价脱离实际，以及在工程成本中已列支目标奖励情况下，又批准提取超发电奖励基金等，应及时研究改进和完善的办法。
第三，在对坝区工程用地进行清查和评估基础上，抓紧编制坝区土地总体利用规划，并依法办理变更土地登记。
第四，应高度重视对垂直升船机设计成果的审查，认真听取专家意见，把好升船机主体设计质量关，同时积极协调各方加快设计、机械制造和建设进度，确保升船机及早建成和安全可靠运行，发挥应有作用。
第五，研究落实2008年三峡总公司总部迁到北京市后的相关措施，包括：如何履行好枢纽工程建设、大坝安全运营、防洪度汛等重要职能，如何快速、妥善应对水污染、地质灾害、泥沙、火灾等突发事件，以及防止因重建办公楼造成国有资产闲置浪费等问题，确保工程安全、高效运营。
第六，建立良好的协调沟通机制。工程竣工后，为避免多头领导，由国务院确定有关部门牵头负责，三峡工程管理、防洪、电力、航运、移民等有关单位和地方政府共同参与，组成协调机构，加强沟通和协调，进一步处理好防洪、发电和航运三者关系，坚持将防洪效益放在第一位，同时兼顾发电效益和航运效益，更好地造福于民。
第七，制定《三峡库区管理法》，为大坝安全运行、库区环境治理、移民后期扶持和航道治理等项工作提供法律保障；适时成立库区管理机构，落实经费来源，会同库区地方政府依法开展管理和协调工作，促进建设和谐库区。
四、审计发现问题的整改情况
国务院三峡办和三峡总公司及相关单位高度重视此次审计提出的问题和意见，把落实整改与加强内控制度有机结合起来，已纠正违规问题金额1.39亿元，出台了17项管理制度和措施,进一步强化了工程建设管理。
一是规范招标行为，加大了公开招标的执行力度和劳务分包管理。三峡总公司取消了业主指令性分包和决标时人为切标的做法；在新项目招标文件和合同条款中，细化了工程分包条款，规定了分包队伍资质；同时加强了对施工单位履行合同情况的监督检查，以杜绝违规转分包。
二是对合同管理中存在的22项问题逐项进行了整改。三峡总公司纠正了在建工程预先结算、超前结算问题，规范了结算审核程序和计量方法，并在合同中取消了缺乏明确依据的综合奖和目标奖。
三是查堵了物资采购管理中的漏洞。为防止不合格材料流入三峡工程使用，三峡总公司修订了物资管理办法，建立和完善了工程物资材料核销体系，严格审核承包单位采购的零星材料的质量和数量，并对长期闲置的设备、配件进行了合理处置。
四是完善了监理管理机制。三峡总公司清退了不合格监理人员，并规范了监理业务流程，加强了对监理单位职责落实情况的监督与考核，监理人员持证上岗率有较明显提高。
五是严格执行工程质量事故责任追究制度。三峡总公司按照审计意见，认真分析和查找了质量管理工作中存在的薄弱环节，修订了《三峡工程质量管理办法》和《三峡工程施工质量等级评定与经济责任的有关规定》，细化建设各方质量管理的职责和权限，明确了工程质量管理业务工作流程及相关要求；同时加强了对质量问题处理过程的监督检查，使质量事故责任追究制度切实得到落实。
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