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2000年，曾毅院士提交的报告是《关于迅速遏制艾滋病在我国蔓延的呼吁》；2004年，他提交的报告是《关于全面加强艾滋病宣传教育和行为干预的建议》。
“宣传预防艾滋病很大的一个难题是缺钱，然而多少钱够用呢？”曾毅还记得他们在山东潍坊调研时的情景。当时他问一名防疫站站长，如果给每人两元钱，能不能保证艾滋病宣传到位。“能。”这名站长很有信心。经过5年的调研，他们得出结论：人均两元钱，全国13亿人口26亿元，就可以使群众的艾滋病预防知晓率达到70%以上，从而大大降低艾滋病病毒感染。
通过调研，院士们把百姓的声音反映到国家决策者的案头。
“我们合作得很好，是不是还继续？”作为中国工程院第一份咨询报告《中国可持续发展水资源战略研究》的牵头人，钱正英清楚地记得，2001年年初，当她代表中国工程院向时任国务院副总理的温家宝汇报项目情况时，温家宝说的这句话。
该研究项目启动于1999年，来自中国工程院和中国科学院的农业、林业、水利、生态等有关领域的三四十名院士和200多名专家加入到这个名为“中国可持续发展水资源战略研究”的项目中来。
当时，中国水的问题越来越严重，比如南涝北旱、水污染，而南水北调工程还处于商议阶段，3条线哪条先上，争论很激烈：东线的理由是水污染严重，中线的理由是北京缺水，西线的理由是西北干旱。三方都希望工程早日从自己那里入手。
300多名院士和专家横跨不同的学科，从不同的角度，用了两年的时间去完成这份长达四五百万字的报告。中国工程院副院长沈国舫院士参与了这次调研。他说，在工程院的这份报告中得出一个结论，就是3条线都需要水资源，哪条线准备好了，哪条线就开工。
中央采纳了报告的建议，决定3条线同时并进。当时，这份报告成了水利部门的“圣经”：水利部人手一份这个报告，“十五”计划中关于水利发展方向，也是以这份报告的内容为主。
在普通人眼里，院士都是各领域的顶级专家，但鲜为人知的是，他们还担负着国家科学思想库建设的重大职能。2004年,国家发改委委托两院开展高技术产业“十一五”发展重点咨询研究，117名院士和344名专家的积极参与，历时10个月完成了信息电子、生物与医药、航空航天等8个领域的专题研究，并形成了综合研究报告，为国家制定“十一五”高技术产业发展规划作出了重要贡献。
钱正英等人与总理的合作还在继续。本世纪初，西部大开发是国家发展的重点方向，院士们又把目光投向了这里�；故乔⒃菏壳Ｍ�。2003年1月，院士们向温家宝汇报“西北地区水资源配置、生态环境建设和可持续发展战略研究”的咨询报告。中央下令当地要根据这份报告来指导工作。
沈国舫院士说，就个体而言，院士们都是某个领域的专家，解决自己所在领域的具体问题；但是对整个群体来说，院士们更关注对国家发展具有前瞻性、战略性、宏观性和综合性的问题，他们堪称“国家思想库”。(原春琳 李健 潘圆）